A török időszak 1554-1593
Fülek „ősi jogon" 1544-ben került Bebek Ferenc Gömör vármegyei főispán tulajdonába. Az ő idejében zajlott le a vár széleskörű modernizációja. 1548-ban Alessandro da Vedano olasz hadi építész tervei alapján bővíttette ki és erődíttette meg, aki terveiben már az ágyúharc követelményeit is figyelembe vette. A régi vár egy középső várrésszel és két új ötszögletű bástyával (melyek közül a nyugati máig Bebek nevét viseli) bővült. A közöttük húzódó vastag falban három ágyúállás és hat szakállas puskához idomított lőrés került kialakításra. Alulról két körtorony között húzódó fal határolta a középső és az alsó vár közötti részt, az ún. szorítót (zwingert). Az alsó várat három ó-olasz bástya védte és két kaputorony, melyeken csapóhídon keresztül lehetett a várba jutni. A várat 10 méter mély árok vette körül. Napjainkra az alsó várból csak annak udvara és nyugati kapuja maradt meg.
Végül árulás segítségével a törökök 1554. június 16-án bevették a várat. Egy korábbi hadifogoly (Aethiops), aki a várban szolgált egy elfelejtett ablakon keresztül, amit szemét kidobásra használtak, értesítette a törököket. Kara Hamza bég és serege felkerekedett Fülekre és az éjszaka leple alatt kötélhágcsókon felmásztak a felső vár udvarára. Bebek semmit sem sejtő őreire egyszerre hatalmas támadás zúdult. A védekezők annak ellenére, hogy hiába vártak kívülről segítséget, bírták tartani az ostromot. Ám amikor Toygon bég ágyúkat küldött a vár ellen, a védők két tűz közé kerültek és a vár elesett. Ezzel hosszú időre megbélyegződött Nógrád sorsa. Az egész ostrom akkor zajlott, amikor Jánossy Pál várkapitány nem volt jelen. Az őrök kevésbé voltak óvatosak, lehet, hogy a kapitány távollétét kihasználva a bortól mámorosan próbálták meg védeni a várat. Más források szerint német zsoldosok voltak az árulók, esetleg egy Bebek által fogságba ejtett pap (Forgács Zsigmondnál), aki bosszúból elárulta a törököknek a várba vezető utat. A törökök az elfoglalt területet a török birodalomhoz csatolták. Nógrád területén három szandzsák került kialakításra: a szécsényi, a nógrádi és a füleki. Az ostrom után a hódítók megerősítették a várfalakat, Mustafa Sokoli vezetése alatt egy minaretet építettek, virágos és zöldséges kerteket, a karavánoknak istállókat, üzleteket, műhelyeket emeltek, valamint tökéletesítették a vízvezetéket és a kutakat. 1556 és 1557 között a várban 49 janicsár, 177 lovas katona és 89 „azáb" (gyalogos) tartózkodott. Az 1568-1569 közti időszakban a várban 56 müsztahfiz és topcsi (tüzér), 109 lovas és 87 azáb teljesített szolgálatot.
Az 1554 és 1593 közötti időszakból 10 füleki bég nevét ismerjük: Kara Hamza (1556-tól), Velidzsán (1556-1562), Hasszán Prodovics (1562-1564), Arszlán bég (1564), Mehemed (Mahmat 1575), Hasszán (1576), Mahmud (1579), Korkud (1579-1590), Ali (1591) és Juszuf bég (1593).
A törökök hosszú időn keresztül Fülekről intézték támadásaikat az északabbi területek ellen. Idézet a fennmaradt fenyegető levelek egyikéből:
"...parancsolom, hogy küldjetek írásban választ, fogtok-e adót fizetni vagy sem. Mert ha nem akartok, biztosak lehettek benne, hogy hatalmas seregemmel megtámadlak titeket, városotokat porrá égetem, benneteket pedig leigázlak és rabszolgaságra ítéllek. Jól jegyezzétek meg... mennyi zólyomi katona fölött győzedelmeskedtem, mennyi fejet, zászlót és dobot zsákmányoltam..."
(Ali bég latin nyelvű levele Zólyom város lakosságához, 1591)
Értelemszerűen a falvak inkább kifizették az adót. A törökök 1562-ben nyomultak be Murány környékére. Ferhad Hasan bég leigázta Murány, Krasznahorka és Miskolc környékét is. Amikor 1580-ban a dobsinaiak nem voltak hajlandók adót fizetni, a bég 1584. október 14-én kirabolta, majd fölégette a várost és 350 embert elhurcolt. A füleki piacon ebben az évben 2000 keresztényt adtak el rabszolgának nemre és korra való tekintet nélkül.
A törökök fokozatosan elfoglalták a környező várakat is. A salgói várat még 1554-ben, nem sokkal a a füleki ostrom után. Bár Várgede 1560-ban még ellenállt, 1571-ben Fülekhez hasonlóan a törökök ott is kihasználták az őrség egy részének távollétét és létrák segítségével jutottak a várba. Ajnácskő várát azonban már 1566-ban elfoglalták, így Várgedének nem volt katonai jelentősége a számukra, ezért lerombolták. A környéken egyedül a somoskői vár maradt magyar kézen. 22 év törökkel való „szomszédság" után 1576-ban a tapasztalatlan Modolóczy Miklós várkapitány rövid csata után adta föl a várat Ali bégnek.
A felszabadítás
A térség nemességének csapatai által támogatott császári hadsereg 1593-ban szánta el magát egy ellencsapásra, mert ekkor az oszmán birodalom figyelmét más térségekben zajló hadi események vonták el. 1593. november 10-én Tieffenbach Kristóf vezetésével a császári sereg Fülekre alá érkezett. A város ostroma november 19-én kezdődött el. A török felmentő seregek Vác térségéből Kara Ali, Zülfikár és Oszmán bégek vezetésével érkeztek meg. November 24-én pedig 7000 katonájával Pálffy Miklós csatlakozott a császáriakhoz. Az ostromlóknak kedvezett Fülek török kapitányának - Ufressusnak - a távolléte is, aki magányügyeit intézte. A tüzérségi előkészítést követően 4000 gyalogos támadta meg a várat. A törökök csak nagy veszteségek árán tudtak ellenállni, majd végül 1593. november 27-én a fellegvárba szorultak és megadták magukat. Az írásos források említést tesznek arról is, hogy megközelítőleg 300 „török" civil önszántából a városban maradt, ők később beolvadtak a helyi lakosságba. A főseregről leválva kisebb katonai egységek felszabadították Somoskőt és Salgót is, a törökök ezeket minden ellenállás nélkül feladták.
Fülek virágkora
A vár felszabadítása után 1598-ban Serényi Mihály, 1599-ben pedig Honorius Tonhauser volt a várkapitány. Fülek politikai és katonai jelentősége a 17. században napról napra növekedett. Ide menekült a nemesség a veszélyeztetett területekről. A század első felében fokozatosan ide települt a környék három vármegyéje - Nógrád, Pest-Pilis-Solt és Heves-Külső-Szolnok, sőt alkalmanként itt tartotta nemesi közgyűlését és törvényszékeit Hont és Csongrád is.
Ezt a korszakot a Habsburg ellenes nemesi felkelések jellemezték, gondoljunk csak Bocskay Istvánra (1557-1606), Bethlen Gáborra (1580-1629) és Rákóczi Györgyre (1593-1648).
1604-ben a császári hadsereg megpróbálta kiszorítani Bocskayt a mai Szlovákia keleti részéről és a Tiszántúlról. A felkelők egyik ága Rhédey Ferenc (füleki várkapitány) vezetésével elfoglalta Gömört és Kishontot, majd 1604 decemberében beért a füleki vár alá. A várat azonban jól felfegyverzett katonák őrizték. A csapat inkább tovább indult Korpona és Besztercebánya felé... 1605 márciusában janicsárokkal tértek vissza elfoglalni Füleket. A felkelés leverését követően Nagy Egídiusz majd Bosnyák Tamás lett a vár kapitánya. Füleki kapitánykodása idején az országgyűlés többször is kedvező döntést hozott a vár megerősítését és bővítését illetően (1608, 1609, 1613, 1618). 1615. május 4-én szörnyű tűz pusztította a várat és a várost, de 1619-re rekonstruálni tudták. A rendi felkelés harcai azonban újra lendületet vettek. Bethlen Gábor felkelése során Füleket újra elfoglalták (1619. szeptember 14.), ám belső viszályok következményeként a császári hadsereg Széchy György segítségével újra visszafoglalta Szécsénnyel együtt. Herencsényi várkapitány, aki korábban maga is Bethlen követője volt, 1621-ben segített bevenni a várat a király részére. Egy nappal ezután halt meg Füleken rabként az a Rhédey Ferenc, aki korábban a vár kapitánya is volt. Bethlen még próbálkozik a vár bevételével (10.000 katonával), de kénytelen egészen Érsekújvárig visszavonulni. 1623 októberében újra Fülek alá érkezik, de ismét kénytelen feladni tervét.
II. Ferdinánd király megint Bosnyákot nevezi ki kapitánynak. A vár 1630-tól Bosnyák Judit tulajdonába került. Fülek, mint Nógrád központja, ezekben az időkben éli a virágkorát. Evangélikus gimnáziumot alapítanak, fejlődik kézművesipar. Egy közeli dombon (a Vöröskőn) bástyát emelnek és az Őrhegyre Losonc felől védő őrséget állítanak. A város korabeli látképei bizonyítják, hogy fallal volt körülvéve, melyet lőrések és bástyák tagoltak. A várfal előtt árok és karósánc húzódott. A városban négy nagyobb szakrális építmény állt: egy monumentális protestáns templom két toronnyal, a római katolikus templom a kolostorral, két török szakrális építmény, két fürdő, az iskolák és a gimnázium épülete, valamint további emeletes épületek.
A város és a vár leghitelesebb terveit Johann le Dentu francia mérnök 1670-ben készített el. Sajnos a felsorolt építmények többsége 1682-ben elpusztult. Érdekes lenne régészeti szempontból megkutatni a mai város területét is.
I. Rákóczi György felkelése idején az akkori várkapitány Wesselényi Ferenc a császár oldalára állt. 1645-ben a városra tört Puchaim Farkas tábornagy. 1648-ban Rákóczi meghalt és véget ér a 30 éves háború is. 1645 és 1653 között a vár kapitánya Wesselényi Ádám volt, majd 1657-től I. Koháry István lett a vár örökös főkapitánya. 1652-ben a vár katonai állományát 197 német gyalogos, 300 huszár, 150 hajdú, 25 tüzér és 7 egyéb beosztású katona képezte.
Az apokalipszis
1664-ben a császár hűséges követője, II. Koháry István, lett a vár kapitánya. 1672-ben megerősíttette a várat, mintha megérezte volna, hogy szükség lesz rá. Az ő kapitánysága alatt egy másik felkelés volt készülőben Thököly Imre vezetésével. Az Oszmán Birodalom - a Habsburgok legerősebb ellensége - Thököly segítségére hatalmas hadsereget küldött. A török-kuruc csapatok 1678-ban támadták meg először Füleket, de sikertelenül. 1682-ben jöttek újra Fülek alá - a vár és a város sorsa ekkor pecsételődött meg. Augusztus 22-én az első török-kuruc alakulatok körbe vették a várat és számuk napról napra nőtt. Megkezdődött az ostrom. A füleki vár értékét bizonyítja az is, hogy hatalmas sereget küldött Thökölynek a török szultán. Összesen 60.000 katona ostromolta a várat (Bél Mátyás szerint 100 000). A várvédők száma 4.000 volt a város lakosságát is beleértve.
Thökölyék 20.000 tallért fizettek Braka Andrásnak, hogy gyújtsa fel a városban álló házát. Az őröknek kellett volna jelenteniük a tüzet és ezalatt támadták volna meg a várat. Ám a várkapitány ezt megtudta, Brakát felakasztatta és felnégyeltette.
Az ostrom részleteit Miles Mátyás szemtanú naplójából ismerhetjük meg. Szeptember 3. hajnalán hullottak az első gránátok a várra. Reggel fél hatra a városnak több részét tűz borította, kilencre pedig már az egész város lángolt. Szeldi pasa északról, Ibrahim pasa pedig a keletről bombázta a várat. A város és a vár déli oldaláról Apafy Mihály és Teleki Mihály hadai támadtak. Koháry beljebb húzódott a várba. Harc harcot követett és a védekezők egyre fáradtabbak voltak. Amikor már a kimerültség határán voltak Petróczi, Szirmay, Petneházy és Kezer felszólították Koháryt, hogy adja fel a csatát. A vár segítségére siettek a városból Nácsay Lukács, Csont István és Kakukk Gergely alakulatai is. Az esély a vár megmentésére napról napra csökkent, ezért a vár legénysége fellázadt. A várkapitánynál azonban kérésük süket fülekre talált. Süketségét csak az a fenyegetés oszlatta el, hogy ledobják a vár faláról. Ennek ellenére Koháry a várat soha nem akarta feladni és akár a saját testével is védte volna. Akarata ellenére két hét múlva, 1682. szeptember 10-én a legénység kapitulált.
A törökök az egész várost a földdel tették egyenlővé. A várban égett Nógrád, Pest-Pilis-Solt és Heves-Külső-Szolnok megyék levéltárának nagy része. 1682. szeptember 16-án Ibrahim pasa levelet küldött Thökölynek, mellyel a szultán magyar királlyá nevezi őt ki. A szultán a nagyvezíren keresztül a királyi hatalom jelképeit is eljuttatta hozzá: palástot, kardot, buzogányt, zászlót és koronát is küldött neki. Thököly azonban nem fogadta el a kinevezést. Továbbra is „csak" Felső-Magyarország urának tartotta magát.
A város annyira le volt rombolva, hogy csak hosszú idő múlva tudták újratelepíteni. A céhekbe tömörült iparosok a közeli Losoncra költöztek. II. Koháry István fogságából való visszatérése után új templomot és ferences kolostort építtetett (1725). A várat már nem újíttatta fel, helyette kastélyt építtetett a városban. A királytól hűsége elismeréséül hatalmas birtokokat kapott ajándékba.
1696-ban Füleken csak 24 nemesi ház, 8 armalista ház, 13 katonai ház és a szegények és özvegyek néhány háza állt.
Az ásatás során előkerült leletek
Az ásatások alkalmával a várban nagy mennyiségű kerámialelet került elő - cserepek és kályhacsempék. Továbbá találtak még: pipákat, kalapácsot, fúrókat, baltát, csákányokat, kaszát, lapátot stb. A fontosabb leletek közé tartoznak még: különböző kések, kőműveskanál, étkészletek, ollók, török gyertyatartó és egy doromb. Külön figyelmet érdemelnek a talált ékszerek és érmék. Fegyvereket szintén találtak: ágyúgolyókat, török kopja hegyét, harci csákányt, lándzsát, szabját, török puskacsövet, vas és ólom puskagolyókat és öntőformákat. A kutatás során hatalmas mennyiségű ágyúgolyó is előkerült, valamint az ágyú tisztításához szükséges kellékek is.
A vár széles körű műemléki felújítását az 1970-es években kezdték el. Felújították a legépebben megmaradt Bebek-tornyot, az óratoronyot és a középső vár ágyúállásokkal tagolt falát. A vár 1993-óta látogatható.
1999. szeptember 8-án a város Cseres-hegység Tájvédelmi Körzettel együttműködve tanösvényt nyitott a várban, amely nem csak a vár történelmét, de a várhegy figyelemreméltó geológiai múltját is bemutatja a látogatóknak, hiszen az egy maar típusú kráter külső fala.
A vár régészeti feltárása és műemléki felújítása 2003 óta új lendületet vett. Európai uniós, hazai és magyarországi pályázati források felhasználásával az azóta eltelt időben sikerült biztonságosabbá tenni a várlátogatást, megállítani a Perényi-torony további állagromlását és kialakítani a Füleki Vármúzeum kiállítótermeit a Bebek-toronyban. Az állandó kiállítás 2008. augusztus 15-én nyílt meg. A bástya kerengője 2009-ben került vissza eredeti helyére.